Para el mensaje de bienvenida (Aparecerá al entrar en tu página web)se pone en texto por arriba de la pagina

<body onload="window.alert('Bienvenido a mi pagina web, gracias por visitarnos')">

Entre las comillas va el texto que desees.

Para el despedida (al salir de tu web), ponlo en texto por abajo de la pagina

<body onUnload="window.alert('Gracias por tu visita! nos vemos pronto ^^')">